Ende der 1950er Jahre begann in Bramberg unter der Leitung von Prof. Hans Hönigschmid der Aufbau einer heimatkundlichen Sammlung. Diese war ab 1961 als „Heimatstube“ im Gemeindehaus untergebracht. Bereits während der Gründungszeit entwickelten sich zwei zentrale Sammelbereiche, die das Museum bis heute prägen: Der Mineralienreichtum der Hohen Tauern sowie die lokale und regionale Kulturgeschichte.

1962 wurde der Museumsverein Bramberg gegründet. 1975 überließ die Gemeinde Bramberg dem Museumsverein das Wilhelmgut, eines der ältesten Häuser Brambergs. Nach mehrjährigen Renovierungs- und Umbauarbeiten konnte die Sammlung schließlich in das neue Museum Wilhelmgut übersiedeln, welches 1979 eröffnet wurde.

Zu den Schwerpunkten des Museums zählt seither vor allem der Ausbau der Mineraliensammlung mit spektakulären Exponaten. Auch die anderen Sammlungen werden ständig erweitert, sodass im Wilhelmgut eine große Vielfalt von volkskulturellen und kulturhistorischen Themen präsentiert werden kann: Dazu gehört neben dem Hauptgebäude auch der Außenbereich, in dem unter anderem die Bergbauabteilung untergebracht ist.

Seit 1981 veranstaltet das Museum regelmäßig Sonderausstellungen zu verschiedensten Themen.

2002 wurde dem Museum erstmals das ICOM-Museumsgütesiegel verliehen. Diese Auszeichnung wurde 2009 verlängert.